沈梦圆的博客 怕什么真理无穷, 进一寸有一寸的欢喜。

【微信归档】微生物组学学习笔记


从去年夏天的八月份开始,我就开始接触宏基因组。在一年半时间的时间里,完成一个宏基因项目结题工作,接触过湖泊病毒宏基因组分析,最为熟悉的便是宏基因组分析了。目前能够独立完成一个宏基因组数据分析项目,并着手开展另一个国家基础性微生物专项课题的工作。

软件学习

微生物组软件导读

CheckM:微生物基因组组装/metagenome基因组重构完整度和杂合度评估

Centrifuge:又是一款快速有效的 metagenome 序列分类的软件

VirSorter:识别宏病毒数据中的病毒信号

MEGAN6的安装和使用笔记

diamod安装及使用说明阅读笔记

分箱软件之MyCC

经验总结

宏基因组学之初识

宏基因组学之向前一步

【转载】高通量数据处理的一些经验和建议

微生物组学小本本碎碎念

学习笔记】病毒宏基因组学之初识

【明概念】微生物组(microbiome)

数据库

NCBI上不同归档的病毒数据库比较

关于宏基因组序列的物种分类注释

如何从NCBI FTP上批量下载基因组数据

【学习笔记】从NCBI上下载全部病毒的基因组

如何nt/nt库中分离出细菌和古细菌数据

【学习笔记】从Nr库中任意提取各分类水平的子库

【学习笔记】KEGG数据库

【学习笔记】KEGG数据库之进阶

【学习笔记】KEGG数据库之实战篇(上)

文献阅读

【读文献】宏基因组文献收集单

【读好书】宏基因组百科全书

研究微生物,只靠多组学根本不够!

宏基因组论文《Assembling the microbial dark matter》阅读笔记

数据分析

宏基因组分析教程分享

基因组的拼接原理之学习笔记

宏基因组数据份流程 (质控-过滤-拼接)

【问题汇一】宏基因组数据分析

宏基因组每条contigs的Cov值计算

从宏基因组数据中重构微生物基因组流程

病原微生物高通量测序数据分析笔记节选

【学习笔记】Beta多样性分析(样品间差异分析)

【学习笔记】宏基因组的差异基因分析-0

超级棒的QIIME16s数据分析流程

总结

【宏基因组分析】阶段性总结

Panda姐瞎说宏基因组

看行情】人体微生物组学的产业调研笔记

归档日期

2017-11-17


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